おしぼりは直接手に触れるものですので、当然のことながら清潔に保たれている必要があります。貸しおしぼりは、異色・変色がないことはもちろん、大腸菌や黄色ブドウ球菌が検出されないか、おしぼり1枚あたり10万個という数値（一般細菌数）を超えていないか等、厳しい衛生基準が厚生労働省より設定されています。この指導基準に基づき、全日本おしぼり協同組合連合会は管理基準の「衛生マーク」を制定し、私たちの組合に加盟している約80社のおしぼりは、必ずこのマークを表示しています。
また、清潔なおしぼりで手を拭くことにより、手に付着した細菌数は80％近く減少することが分かっています。消臭・防臭・殺菌の機能を備えたおしぼりも登場しており、おしぼり自体の衛生面もしっかりと考えられています。